Cốt truyện của BioShock 2 bắt đầu hơn một thập niên sau những sự kiện xảy ra trong Bioshock kết thúc, giờ đây người chơi phải gánh vác nhiệm vụ : truy tìm Litter Sister, một trong những Big Daddy đầu tiên được giới thiệu trong phiên bản đầu. Giờ đây nhân vật chính của chúng ta đã được bắt cặp với một Litter Sister tên Eleanor Lamb ,nhưng Eleanor đang là tù binh của chính mẹ của cô ta, Sofia Lamb, chủ nhân mới của Rapture. Sofia Lamb là một người theo chủ nghĩa vị tha và tự do, Lamb về mặc đạo đức hoàn toàn khác hẳn so với Andrew Ryan, nhưng bà ta cũng ác độc và sự giận dữ của bà không khác gì Ryan – nhà tư bản đã xây nên thành phố Rapture để thoát khỏi sự kìm hãm của chính quyền và những giá trị đạo đức lão cho là tầm thường.
