Câu truyện trong Minecraft Story Mode – EPISODE 6 sẽ được bắt nguồn từ lịch sử của mảnh đất khối hộp Minecraft khi bốn vị anh hùng chiến binh Gabriel, Kĩ sư Ellegaard, Chuyên gia thuốc nổ Magnus, và nhà khảo cổ Soren dấn thân vào hành trình mạo hiểm đến Overworld nhằm tiêu diệt Ender Dragon. Trong khi đó ở quê nhà EnderCon rất hi vọng có thể gặp được chiến binh Gabriel nhưng không ai biết rằng một mối đe dọa đang rình rập vùng đất này. Một lực lượng đen tối đang lăm le đe dọa nhấn chìm vùng đất này vào quên lãng, chính bạn và 2 người bạn khác cùng 1 chú heo là người khám phá ra bí mật này. Và để bảo vệ quê hương của mình bạn sẽ dấn thân vào nhiệm vụ tìm kiếm The Order of the Stone đầy gian khổ và nguy hiểm.
