Trong Minecraft: Story Mode, người chơi sẽ vào vai nhân vật chính của câu chuyện: Jesse trong chuyến hành trình khám phá đầy bí ẩn. Jesse cùng với những người bạn thân thiết đều rất tôn thờ huyền thoại Order of the Stone, 4 nhà thám hiểm vĩ đại đã có công tiêu diệt con rồng hung hăng Ender. Huyền thoại Order là những chiến binh giỏi nhất, kỹ sư giỏi nhất, kiến trúc sư giỏi nhất, kẻ reo rắc sự khó chịu giỏi nhất từng được biết đến. Trong khi đó, tại vùng đất EnderCon, Jesse và đám bạn của anh chàng này đã phát hiện ra những điều bất thường và cực kì đáng sợ đang xảy đến. Những tên khủng bố tàn bạo tràn lan khắp nơi. Chính vì thế, Jesse cùng những người bạn phải đồng hành trên chuyến đi tìm kiếm huyền thoại Order để giải cứu thế giới của mình khỏi rơi vào lãng quên.
