Lấy bối cảnh 150 năm trước sự kiện trong BlazBlue: Calamity Trigger, XBlaze Code:Embryo đưa bạn nhập vai Touya Kagari – một học sinh trung học đã đột ngột bị cuốn vào những sự kiện ngoài tầm hiểu biết của mình, khi mà cậu bất ngờ bị tấn công bởi một thế lực kỳ bí. May mắn thay một cô gái bí ẩn tên là Es xuất hiện và bảo vệ cậu, nhưng lại từ chối rời đi, cô luôn nói rằng mình có nhiệm vụ bảo đảm an toàn cho cậu. Bị ném vào một thế giới của ma thuật và những điều siêu nhiên, bạn sẽ phải đưa Touya Kagari vượt qua những thách thức khó khăn để khám phá bí mật ẩn sau thân thế mình, trên hành trình đầy rẫy những quái vật và pháp sư cùng những tổ chức ngầm nguy hiểm luôn rình rập tiêu diệt bạn.
