Câu chuyện trong game kể về cuộc hành trình để trở thành một trong những chiến binh thực thụ S-Rank của Estelle và cậu em trai nuôi Joshua. Tuy nhiên, nhiều biến cố xảy ra ngoài dự kiến khiến cho mọi thứ xảy ra không được như ý muốn và thậm chí còn ảnh hưởng sâu sắc và thay đổi hoàn toàn cuộc sống trước đây của họ. Là một game RPG, cốt truyện tổng thể của The Legend of Heroes: Trails in the Sky không mới, nhưng cách mà Nihon Falcom dẫn dắt câu chuyện và khắc họa tính cách nhân vật khá đặc sắc, đủ khiến bất cứ fan cảu thể loại RPG nào phải hài lòng.
