Cốt truyện của Tokyo Xanadu eX+ được thiết kế tại Nhật Bản, khi Tokyo bất ngờ phải hứng chịu một cơn động đất khiến chính phủ phải xây dựng lại thành phố. Thế nhưng trong các công trình xây dựng, một thế lực xấu lại đang xây dựng một cánh cửa để nối sang thế giới khác.
